Giáo hoàng Bonifacius là một người tin tưởng chắc chắn vào quyền thiêng liêng tối thượng và đó cũng là quyền tối cao của Giáo hội. Giáo hoàng nói mình có trọn quyền trực tiếp trong phạm vi thiêng liêng và có quyền gián tiếp trong lãnh vực trần thế đối với các vua chúa.

Là nhà luật học có quan niệm thần quyền hẹp hòi, ông đã bênh vực chủ trương có một nền quân chủ Giáo hoàng khắp hoàn cầu, vào lúc mà các quốc gia đang được củng cố, do đó ông đã gặp nhiều khó khăn với vua Philippe IV le Bel và những nhà luật học người Pháp.

Cuộc tranh chấp giữa vua Philipe le Bel nước Pháp, với Giáo hoàng Bonifacius VIII xảy đến hai lần, cả hai đều đụng độ mạnh. Vua nước Pháp được các luật gia cố vấn, xác định quyền của hoàng cung. Còn Giáo hoàng cũng là một luật gia cứng rắn nhất định không nhân nhượng về quyền Giáo hoàng.

Lần thứ nhất

Năm 1297, để ngăn cản chiến tranh, Giáo hoàng cấm các giáo sĩ nộp thuế cho vua Anh, Pháp.

Ngược lại vua Philippe cấm đưa tiền và vàng ra khỏi nước, trục xuất các nhân viên thâu thuế của Giáo hoàng và các chủ ngân hàng Ý hoạt động cho Roma. Tức thì, một sắc lệnh do Giáo hoàng Bonifacius ban hành với lời lẽ đe dọa. Sắc lệnh được trả lời bằng một văn thư với những lý luận nóng nảy của luật sư Pierre Flote, tư pháp đại thần của Philippe. Thế là thư từ qua lại tới tấp, gây nên một cuộc bút chiến.

Tình hình lắng dịu khi Roma phong thánh cho vua Louis IX. Mặt khác, cả Paris và Roma bấy giờ thực sự không muốn chiến tranh.

Lần thứ hai

Vấn đề trở lại vào năm 1301, Giáo hoàng Bonifacius quay lại chống Philippe le Bel. Trong khi đó vua Pháp đưa ra tòa kết án giám mục Pamiers Saisset, khâm sai Tòa thánh, vu cáo tội dấy loạn năm 1301. Giáo hoàng đòi phóng thích, tuyên bố rút lại các đặc ân đã ban và ban hành Tông Chiếu Ausculta fili, triệu tập công đồng giải quyết chuyện nước Pháp.

Nhưng vua Pháp nhất định không chịu đặt quyền mình dưới quyền công đồng, vì lẽ ông xác tín quyền bính của mình là bởi Thiên Chúa chứ không bởi Giáo hội. Cả nước Pháp xôn xao, nhất là từ khi phổ biến một Tông chiếu giả mạo và một văn thư phúc đáp cũng giả mạo. Trong đó có những lời nhục mạ và nạt nộ nhau rất bỉ ổi. Vua Philippe IV liền họp Đại hội Quốc Dân (10-4-1302) tại nhà thờ Đức Bà Paris và được cả ba đẳng cấp tăng lữ, quý tộc lẫn đẳng cấp thứ ba của Pháp hoan nghênh.

Sau đó, một công đồng cũng được họp ở Roma (1.11.1302). Ngày 18 tháng 11 năm 1302, Giáo hoàng Bonifacio VIII ban hành Thông Điệp Duy Nhất Thánh (Unam Sanctam 1302) khẳng định thần quyền tối thượng của chức vị Giáo hoàng, mà các vua phải tuân phục.

Trong đó, ông đã nói: "Ta tuyên bố, quả quyết, giải thích và báo cáo rằng muốn được cứu rỗi, người nào cũng tuyệt đối cần phải phục tùng Giáo hoàng Rôma." Đáp lại, nhà Vua tự khẳng định quyền tối cao trong vương quốc và tố cáo Giáo hoàng lên chức bất hợp pháp, mại thánh và bội ước.

Bản cáo trạng Giáo hoàng Bonifacio VIII của Nogaret có đoạn viết: Tôi khẳng định cá nhân bị cáo, biệt danh Bonifacio không phải là giáo hoàng. Y không qua cửa mà vào nên phải coi là tên trộm cắp. Tôi khẳng định y đã công khai lạc đạo, mại thánh đáng kinh tởm như chưa từng có từ tạo thiên lập địa đến bây giờ. Cuối cùng tôi khẳng định kẻ gọi là Bonifacio đã phạm những tội ác to lớn, rõ rệt và bất khả chữa trị. Cần phải có một công đồng chung để phán xét và kết án y. [2].